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日本唯一の幕末・明治維新の専門歴史博物館として1970年（昭和45年）に開館。坂本龍馬や桂小五郎（木戸孝允）、西郷隆盛、高杉晋作など倒幕派や、近藤勇・土方歳三ら新選組や京都守護職など幕府側の面々など、幕末から明治にかけて活躍した重要人物の遺墨や詩文、遺品、書状、各種資料・文献などを公開展示している。収集資料は5000点を超え、うち約100点を選んで常設展を実施、時期によってテーマを定めた特別展を開催している。すぐ近くには維新志士たちを祀った京都霊山護国神社がある。霊山歴史館は女性がすすめる歴史資料館トップ10入りを果たしている（「日経プラス１」ランキングより）。